Otok Lokrum, Posebni rezervat šumske vegetacije, zaštićen je sukladno Zakonu o zaštiti prirode u kategoriji posebnog rezervata šumske vegetacije od 1948. godine te je kao takav treće najstarije područje zaštićene prirode u Hrvatskoj čiji temeljni fenomen je šumska vegetacija koja prekriva oko 90% površine otoka. Vegetacijski pokrov je reprezentativan iz razloga što su na vrlo maloj površini (72 ha) prisutni svi razvojni nizovi biljnih zajednica južnog fitogeografskog područja – eumediterana što je i glavni razlog zaštite ovog područja prirode.
U području Rezervata Lokrum zabranjeno je:
- uzimati iz prirode, hvatati, uznemiravati divlje vrste
- hraniti divlje životinje
- oštetiti i/ili uništiti znak i/ili informativnu ploču i/ili didaktičku opremu
- rabiti otvoreni plamen, ložiti vatru i pušiti
- nedopušteno rabiti bespilotne letjelice
- kretati se izvan označenih pješačkih staza i izvan područja predviđenog za posjećivanje osim pri provedbi istraživanja za koje je ishođeno dopuštenje
- posjetiti bez ulaznice
- odložiti otpad izvan predviđenog i označenog mjesta
- boraviti prije dolaska prvog i nakon odlaska posljednjeg broda Javne ustanove rezervata Lokrum, kao i zimskom u razdoblju kada otok Lokrum nije otvoren za posjećivanje.
Sukladno Uredbi o ekološkoj mreži, čitav otok Lokrum uključujući i pripadajući morski pojas od 150-ak metara od obale je i područje ekološke mreže Natura 2000 (HR4000017 Lokrum) - područje očuvanja značajno za vrste i stanišne tipove (POVS) za ukupno osam stanišnih tipova (Tablica 1.)
| Šifra područja | Naziv područja | Stanišni tip | Natura šifra |
|---|---|---|---|
| HR 4000017 | Lokrum | Naselja posidonije (Posidonion oceanicae) | 1120 |
| Grebeni | 1170 | ||
| Stijene i strmci (klifovi) mediteranskih obala obrasli endemičnim vrstama Limonium spp. | 1240 | ||
| Eumediteranski travnjaci Thero-Brachypodietea | 6220 | ||
| Karbonatne stijene sa hazmofitskom vegetacijom | 8210 | ||
| Preplavljene ili dijelom preplavljene morske špilje | 8330 | ||
| Vazdazelene šume česmine (Quercus ilex) | 9340 | ||
| Mediteranske šume endemičnih borova | 9540 |
Područje otoka Lokruma također je i sastavni dio Povijesne jezgre Grada Dubrovnika s gradskim zidinama i utvrdama te gradskim jarkom te je uvršten u UNESCO-ov registar Svjetske kulturne baštine. Otok Lokrum s akvatorijem zaštićen je kao kulturno dobro u sklopu Rješenja o zaštiti povijesne cjeline grada Dubrovnika i njene neposredne okoline (Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske – oznaka Z-3818) na temelju Zakona o zaštiti i očuvanju kulturnih dobara. Sukladno istom Rješenju za zaštićenu povijesnu cjelinu grada Dubrovnika i njenu neposrednu okolinu uspostavljene su zone te je otok Lokrum s akvatorijem uvršten u zonu „A“ opisanu kao „potpuna zaštita povijesnih struktura“.
