Sukladno Uredbi o ekološkoj mreži, čitav otok Lokrum uključujući i pripadajući morski pojas od 150-ak metara od obale je i područje ekološke mreže Natura 2000 (HR4000017 Lokrum) - područje očuvanja značajno za vrste i stanišne tipove (POVS) za ukupno osam stanišnih tipova.
1. NASELJA POSIDONIJE (Posidonion oceanicae)
Posidonia oceanica (L.) delile morska je cvjetnica i endem Sredozemlja. Raste u čistom i bistrom moru, u infralitoralu od površine mora do 40 m dubine, dobro podnosi izloženost valovima i oscilacije temperature, ali ne i smanjeni salinitet i eutrofikaciju. Naselja posidonije važna su za život u moru jer su stanište mnogim živim organizmima u moru koji u njezinim livadama pronalaze hranu i zaklon. Ugrožavaju je mnoge ljudske aktivnosti (sidrenje, zagađenje itd.), a posebno je osjetljiva jer bi obnova potencijalno oštećenih staništa trajala desetljećima. Karakteristične vrste za naselja posidonije jesu: brbavica (Venus verrucosa), crvena zvjezdača (Echinaster sepositus), zvjezdača (Asterina pancerii), trp (Holothuria tubulosa), plemenita periska (Pinna nobilis) – strogo zaštićena vrsta, ribe Sarpa salpa, Symphodus ocellatus i Syphodus rostratus.
2. GREBENI
Grebeni su najheterogeniji stanišni tip koji obuhvaća staništa na čvrstoj podlozi od površine mora do batijala stoga mogu biti biogene konkrecije ili geoegenog podrijetla. Mogu biti u kontaktu s kopnenim staništima na stijenama obraslim vegetacijom uz more (stijene i strmci mediteranskih obala obrasli endemičnim vrstama Limonium ssp., naseljima posidonije i morskim špiljama. Budući da se razvijaju na uskom pojasu uz obalu, ugroženi su zbog izloženosti ljudskim aktivnostima kao što su: gradnja i nasipanje u more, betoniranje i niveliranje prirodno neravne stjenovite obale. Karakteristične su vrste za taj stanišni tip puževi (Melarhaphe nerioides), crvena moruzgva (Actinia equina) i priljepci (Patella ssp.).
3. STIJENE I STRMCI (KLIFOVI) MEDITERANSKIH OBALA OBRASLI ENDEMIČNIM VRSTAMA Limonium ssp.
Strmci i kamenite obale otoka Lokruma obrasli su halofilnom vegetacijom. Za Lokrum je važna zajednica Grebenjača savitljive mrižice (As. Limonietum anfracti, Ilijanić 1982.). Ta razmjerno rijetka i endemična zajednica opisana je na Lokrumu, a pojavljuje se u južnoj Dalmaciji na Mljetu, Lokrumu, Elafitima te ostalim otocima i otočićima dubrovačkog primorja kao i u obalnom pojasu u dubrovačkom primorju. Tipična je vrsta te zajednice savitljiva mrižica – Limonium dictyophorum (syn. Limonium anfractum), a tu se pojavljuju i primorski petrovac (Crithmum maritimum), kretska svinđuša (Lotus cystoides), naduta pušina (Silene vulgaris ssp. angustifolia) i dr. Na Lokrumu je ta zajednica prisutna u obalnom pojasu cijelom dužinom obalne linije, ali slabije je razvijena na zapadnoj strani otoka u predjelu gdje se nalaze okomite litice te je tamo prisutna samo u relativno uskom pojasu.
4. KARBONATNE STIJENE S HAZMOFITSKOM VEGETACIJOM
Stanište vegetacije koja se razvija u pukotinama suhih vapnenačkih stijena i fragmentarno u zidovima starih građevina. Od zajednica tog staništa na Lokrumu je važna zajednica gorostasne šašike i kalabrijske pogančine (Seslerio – Putorietum calabricae, H-ić 1962.) u zidovima tvrđave s karakterističnim vrstama: pogančina (Putoria calabrica), vrzina (Brassica incana), bjelušina (Inula verbascifolia) itd. Na otoku Lokrumu nalazimo je na relativno maloj površini na stijenama na zapadnoj strani otoka na visinama koje su izvan dosega intenzivnog prskanja valova tijekom lošeg vremena.
5. EUMEDITERANSKI TRAVNJACI (Thero – Brachypodietea)
Eumediteranski travnjaci su niski travnjaci sastavljeni od jednogodišnjih biljaka koje uglavnom završavaju svoj životni ciklus prije ljetnih suša. Najvažnija zajednica eumediteranskih travnjaka na Lokrumu je Travnjak žute ptičje noge i mišjeg brčka (Ornithopodi – Vulpietum H-ić 1960) koja je prvi put i opisana na Lokrumu (locus classicus) bogatog sastava – brčak (Vulpia ligustica), ptičja noga (Ornithopus compressus), lomljiva osmigača (Gaudinia fragilis), germanski bjelolist (Filago vulgaris) itd.
6. VAZDAZELENE ŠUME ČESMINE (Quercus ilex)
Mediteranske šume u kojima prevladava česmina (hrast crnika) rijetko su gdje razvijene u visoke šume, uglavnom su degradirane u stadij makije. Od spomenutih šuma na Lokrumu su prisutne:
- šuma hrasta crnike i crnog jasena (Fraxino orni – Quercetum ilicis) s najvažnijim vrstama: hrast crnika (Quercus ilex), crni jasen (Fraxinus ornus), lemprika (Viburnum tinus), vrijes (Erica arborea), planika (Arbutus unedo), zelenika (Phillirea latifolia) itd. Na otoku Lokrumu nalazimo tu zajednicu u unutrašnjosti južnog dijela otoka te je prepoznajemo po stablima crnog jasena čime se razlikuje od ostalih šumskih zajednica na otoku,
- šuma hrasta crnike s mirtom (Myrto – Quercetum ilicis) – šuma hrasta crnike u degradacijskom stadiju makije, gusta, gotovo neprohodna zajednica u kojoj su osim drveća i grmova osobito zastupljene i povijuše, a sloj prizemnog raslinja gotovo da i ne postoji. Uz hrast crniku (Quercus ilex) tu se pojavljuju tršlja (Pistacia lentiscus), mirta (Myrtus communis), borovica (Juniperus oxycedrus ssp. macrocarpa), planika (Arbutus unedo), velika crnjuša (Erica arborea), isprepletena kozja krv (Lonicera implexa), tetivika (Smilax aspera), oštrolisna šparoga (Asparagus acutifolius) te druge vazdazelene svojte. Ta je zajednica obilno prisutna na Lokrumu u obliku šume i makije.
7. MEDITERANSKE ŠUME ENDEMIČNIH BOROVA
Stanište obuhvaća šume alepskog bora ili pinije (čije šume su prisutne samo na otoku Mljetu). Od mediteranskih šuma alepskog bora na Lokrumu važne su:
- šuma alepskog bora i hrasta crnike (Querco ilici–Pinetum halepensis) koja pripada najugroženijim šumama Sredozemlja – najviše zbog požara i predrasuda pučanstva o štetnosti alepskog bora. Te sastojine imaju veliku socijalnu, estetsku i ekološku ulogu. Glavna vrsta te zajednice jest alepski bor (Pinus halepensis), u sloju grmlja i niskog drveća dolaze crnika (Quercus ilex), tršlja (Pistacia lentiscus), lemprika (Viburnum tinus), mirta (Myrtus communis), tetivka (Smilax aspera), oštrolisna šparoga (Asparagus acutifolius), bodljikava veprina (Ruscus aculeatus) te druge zeljaste i drvenaste vrste. Na Lokrumu je ta zajednica obilno zastupljena u unutrašnjosti južnog i središnjeg dijela te na istočnim i sjevernim padinama sjevernog dijela otoka,
- šuma alepskog bora sa sominom (As. Junipero phoeniceae-Pinetum halepensis, Trinajstić, 1988.) u kojoj uglavnom dominiraju alepski bor (Pinus halepensis) i tršlja (Pistacia lentiscus) dok je od ostalih grmolikih vrsta prisutna lemprika (Viburnum tinus), mirta (Myrtus communis), isprepletena kozja krv (Lonicera implexa), zelenika (Phillyrea sp.), broć (Rubia peregrina), tetivika (Smilax aspera), crnika (Quercus ilex) i dr. Na Lokrumu je ta zajednica prisutna u priobalnom pojasu od jugoistočne i južne do jugozapadne obale otoka.
8. PREPLAVLJENE ILI DIJELOM PREPLAVLJENE MORSKE ŠPILJE
Zbog krških obilježja duž hrvatske obale Jadrana morske špilje su brojne. To su špilje ili jame s podzemnim jezerima ili manjim vodenim staništima, obično s ograničenom izloženošću vanjskim klimatskim uvjetima i više ili manje povezane s morem. Prisutan je i znatan utjecaj s kopnenih staništa. Na Lokrumu se kao dio tog stanišnog tipa nalaze Vela i Mala špilja te na južnom dijelu otoka Mrtvo more – nekadašnja špilja kojoj se u povijesti urušio strop te danas ima oblik malog „jezera“ koje je s vanjskim morem povezano kanalom dugim oko 15 m.
FAUNA
Šišmiši i njihove kolonije zaštićeni su nacionalnim i EU zakonodavstvom. Otok Lokrum idealno je stanište za velik broj vrsta šišmiša s obzirom na bogatstvo šumskih staništa, tri otvorene vodene površine, mnogobrojna prirodna i umjetna skloništa (građevine), kao i zbog tišine i izostanka rasvjete te ljudskih aktivnosti tijekom noći. Za većinu vrsta šišmiša Lokrum je oaza na području Hrvatske koju inače karakteriziraju urbanizacija, gust promet, umjetna rasvjeta noću i buka koju stvaraju ljudi. Ukupno 11 od 33 vrste šišmiša zabilježenih u Hrvatskoj zabilježeno je na Lokrumu, što je iznimno velika biološka raznolikost šišmiša za otok površine od samo 0,7 km². Istraživanjima je potvrđena prisutnost porodiljnih kolonija Kolombatovićeva dugoušana (Pl. kolombatovici) i malog potkovnjaka (Rhinolophus hipposideros) u tavanima Benediktinskog samostana, a prisutne su i vrste primorski šišmiš (Hypsugo savii), dugokrili pršnjak (Miniopterus schreibersii), primorski brkati šišmiš (Myotis mystacinus/aurascens), resasti šišmiš (Myotis nattereri), rani večernjak (Nyctalus noctula), bjelorubi šišmiš (Pipistrellus kuhlii), mali šumski šišmiš (Pipistrellus nathusii), veliki potkovnjak (Rhinolophus ferrumequinum) i sredozemni slobodnorepac (Tadarida teniotis).
Na otoku Lokrumu zabilježene su 52 vrste ptica od čega je 12 gnjezdarica – stanarica: kobac (Accipiter nisus), velika ušara (Bubo bubo), zelendur (Chloris chloris), divlji golub (Columba livia), siva vrana (Corvus cornix), zeba (Fringilla coelebs), vijoglav (Jynx torquilla), bijela pastirica (Motacilla alba), alohtona vrsta – paun (Pavo cristatus), crnokapa grmuša (Sylvia atricapilla), crnoglava grmuša (Sylvia melanocephala) i kos (Turdus merula). Od gnjezdarica selica zabilježene su npr. crna čiopa (Apus apus), bijela čiopa (Apus pallidus), lastavica (Hirundo rustica), slavuj (Luscinia megarhynchos) i ćuk (Otus scops). Zabilježene zimovalice su npr. jastreb (Accipiter gentilis), škanjac (Buteo buteo), crvendać (Erithacus rubecula) i dr., preletnice – žuta čaplja (Ardeola ralloides), orao zmijar (Circaetus gallicus), kukavica (Cuculus canorus) i dr. te dvije selice – škanjac osaš (Pernis apivorus) i brgljez kamenjar (Sitta neumayer).
Na Lokrumu su prisutne bezopasne zmije: šilac (Platyceps najadum) i šara poljarica (Hierophis gemonensis) koje su ipak vrlo rijetko viđene zmije na otoku. Prisutne su i vrste: kopnena kornjača (Testudo hermanni), u narodu poznatija kao čančara, gušter – veliki zelembać (Lacerta trilineata) i kućni macaklin (Hemidactylus turcicus).
Na otoku Lokrumu zabilježeno je 212 vrsta danjih i noćnih leptira, od čega 18 pripada u danje leptire. Sve zabilježene vrste tipične su za južne jadranske otoke. Šumoviti Lokrum najviše pogoduje šumskim vrstama i vrstama šumskoga ruba poput lugara (Pararge aegeria), istočnog sivca (Hipparchia syriaca) i plavog admirala (Limenitis reducta). Te tri vrste vrlo su česte i široko rasprostranjene na otoku. Na obalnim dijelovima otoka nalazimo i vješticu (Charaxes jasius), jednog od naših najvećih i najšarenijih danjih leptira. Od sredozemnih vrsta otok naseljavaju kleopatra (Gonepteryx cleopatra), veliki tigrasti plavac (Lampides boeticus) te planinski bijelac (Pieris ergane). Možemo susresti i pokojeg lastina repa (Papilio machaon), običnog poštara (Colias croceus), ljepokrilog admirala (Vanessa atalanta) i stričkovca (Vanessa cardui). Važna je prisutnost leptira hrastov repić (Favonius quercus) obzirom da na području Dubrovačko-neretvanske županije postoji svega nekoliko recentnih nalaza te vrste.
Na otoku Lokrumu zabilježene su 72 vrste kornjaša od čega najviše bubamara (Coccinellidae), zlatica (Chrysomelidae) i strizibuba (Cerambycidae).
Od ravnokrilaca na Lokrumu je dosad nađeno ukupno 16 vrsta, od kojih su za četiri vrste to prvi podaci za područje grada Dubrovnika, a od toga samo 7 koji žive isključivo izvan šume. Zabilježene su i četiri vrste skakavaca (Acrotylus patruelis, Oedipoda caerulescens, Pezotettix giornae i Chorthippus bornhalmi) (Tvrtković, 2016.).
