Klaustarski vrtovi
Klaustarski vrt specifično je uređen vrtni prostor unutar samostanskog kompleksa. U klaustru benediktinskog samostana uzgajalo se ukrasno bilje za oltare, ali ono je ponajprije predstavljalo poseban ugođajni prostor namijenjen duhovnim potrebama i opuštanju. Prostorni raspored središnje vrtne plohe klaustra dijeli se dvjema stazama koje se križaju u samome središtu, pa se tako na plohama sadilo pretežno nisko bilje uz poneki grm i stablo.
Prvi romanički klaustar s triju je strana bio okružen trjemovima s dvostrukim stupićima, a na južnoj strani najvjerojatnije je bio zatvoren samo visokim zidom. Gradnja toga srednjovjekovnog klaustra započela je nakon dovršetka romaničke crkve, o čemu svjedoče sekundarno uzidani ulomci 11. stoljeća u funkciji okvira prozora i vrata zapadnoga samostanskog krila te se može pretpostaviti da je taj klaustar, čije ostatke danas vidimo između ostatka romaničko-gotičke bazilike i novijeg gotičko-renesansnog samostana, dovršen tijekom 13. stoljeća. Prostor romaničkog klaustra čiju središnju poziciju zauzima nedavno obnovljena velika gustijerna, hortikulturno je uređen 2016. godine u duhu oblikovanja samostanskog vrta sa središnjom kružnom zelenom parternom površinom oko koje se nalazi četverodijelna zelena površina.
Gotičko-renesansni klaustar ostatak je veće i raskošnije cjeline jednoga od najreprezentativnijih samostanskih sklopova na području Dubrovačke Republike. Okružen četirima arkadnim trjemovima svakako je odgovarao značenju koje je lokrumski samostan imao u Dubrovniku i u moćnoj kongregaciji sv. Justine kojoj je pripadao. Klaustar je izvorno imao trijemove sa svih četiriju strana, nad kojim su iznad sjevernog, zapadnog i južnog krila bile terase (postojeća terasa iznad južnoga krila dogradnja je iz prve polovine 20. stoljeća), a iznad istočnog krila nadvija se prvi kat građevine sa samostanskim ćelijama. Glavni je oblikovni element uređenja vrta živica od šimšira koja obrubljuje opisane staze te na križanju u središtu formira kružni oblik. Od ostalih elemenata 19. stoljeća ističu se grmovi kamelija i aukuba, ali i vrlo stari primjerci gorkih naranača.
Maksimilijanovi vrtovi
Nadvojvoda Maksimilijan Habsburški, brat austrijskog cara Franja Josipa I., 1859. godine kupio je otok Lokrum uredivši ga za svoju ladanjsku rezidenciju. Iste je godine započeo izgradnju ljetnikovca u samostanskom sklopu i započeo uređenje vrtnih prostora na svim dijelovima otoka. Njegovim dolaskom započeto je novije razdoblje u povijesti vrtnog i pejzažnog oblikovanja i uređivanja Lokruma. Lokrum je Maksimilijanu bio svojevrsna eksperimentalna postaja za aklimatizaciju egzotičnih biljaka. Cjelokupni otok tretirao je kao perivoj, ali pritom primjenjujući različite principe uređenja vrtova. Njegovo razdoblje obilježeno je uređivanjem sustava vrtnih terasa podignutih u sklopu dvorca s orijentacijom prema otvorenom moru, s kojima je povezano uređenje starog renesansnog klaustra. U vrijeme habsburške uprave cijeli Lokrum postao je prohodnim zelenim prostorom pogodnim za duge šetnje i uživanje u prirodi. Autentično Maksimilijanovo razdoblje oblikovanja Lokrumskih vrtova trajalo je do kraja 1863. godine. kada on posljednji put boravi na otoku.
Botanički vrt
Botanički vrt osnovala je Akademija znanosti i umjetnosti 1959. godine radi istraživanja unošenja i prilagodbe stranih biljnih vrsta iz tropskih i suptropskih krajeva našem podneblju. Biljke su uglavnom australskoga i američkoga podrijetla, uzgajane iz sjemena dobivenoga razmjenom sa svjetskim botaničkim vrtovima. Nastojalo se da to bude drveće i grmlje iz sličnih podneblja, kao što su središnji Čile, južna i istočna Australija, središnja i južna Kalifornija te južna Afrika.
Plan Botaničkog vrta izradio je ugledni dubrovački krajobrazni arhitekt gospar dr. sc. Bruno Šišić. Skrb o vrtu od osnutka vodi dr. sc. Lav Rajevski, viši znanstveni suradnik u tadašnjem Biološkom institutu u Dubrovniku, koji je bio zadužen za stvaranje botaničkog vrta na Lokrumu.
Tijekom Domovinskoga rata (1991. i 1992.) pedesetak projektila nanijelo je veliku štetu biljkama i pratećim objektima. Glavnina knjižnice i dokumentacija izgorjele su u požaru. Obnova vrta započela je 1993. godine.
Taj jedini otočni botanički vrt u Hrvatskoj danas posluje u sklopu Instituta za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku. Zauzima površinu od 3,3 ha, a u izložbenom dijelu (1,45 ha) uzgaja se petstotinjak biljnih vrsta, uglavnom drveća i grmlja. Vrt je podijeljen u 13 polja koja su oblikovana tako da se na istom prostoru predstave srodne biljne vrste, pripadnice istih rodova ili biljnih porodica, ili one prilagođene sličnim uvjetima. U vrtu se nalazi i staklenik, smješten izvan izložbene površine, u kojemu raste dvjestotinjak vrsta mesnatica.
Rajski put
Rajski put središnji je dio jedinstvenog pejzažno-arhitektonskog sustava triju aleja, zasađenih za vrijeme Maksimilijana Habsburškog, koji se proteže od nižeg dijela otoka prema tvrđavi Royal. Izvorno je s obje strane obrubljen drvoredom piramidalnih čempresa (Cupressus sempervirens 'Pyramidalis') i porubljen kamenim rubnjacima. Jedan je rub bio popraćen rigolom za sakupljanje kišnice, kojim se voda odvodila u spremnik, a voda je služila za napajanje dvorskog kompleksa.
Tradicionalni maslinik
Tradicionalni maslinici jedini su autentičan ostatak kultiviranih nasada lokrumske benediktinske opatije. Na Lokrumu se nalaze dva maslinika, jedan u lazaretu te drugi u blizini samostana koji je smješten između obalnog pojasa i botaničkog vrta. Tradicionalni maslinici razlikuju se po načinu primjene poljoprivredne prakse, obrađuju se ekstenzivno, uglavnom bez primjene agrotehnike. Uljarica, bjelica i oblica sorte su koje su uglavnom prisutne u maslinicima na otoku Lokrumu.
